El Museo de Ciencias Naturales de Álava se encuentra ubicado en el edificio el conocido como la «Torre de Doña Ochanda», aunque la torre y el palacio anexo datan de principios del siglo XV, su aspecto actual se debe a la restauración realizada en 1971, que levantó y recreó la actual torre almenada, a partir de la original que permanecía oculta en el edificio.

El Museo de Ciencias Naturales de Álava se inauguró, el 16 de mayo de 1986.

La planta baja y las dos primeras plantas del Museo están abiertas a la visita del público. Como en todos los Museos, en sus salas se expone una pequeña parte de las colecciones que alberga.